Zum Start der Anwendung muss nach dem Laden der Kartenansicht in das Menü Anwendungen gewechselt werden. Dazu genügt ein einfacher Linksklick auf den entsprechenden Menüeintrag.

Anschließend klicken Sie mit der linken Maustaste auf das Anwendungs-ICON (siehe Grafik oben).

Im FIS-Natur.Biotope können die einzelnen Biotope in einer komplexen Ordnerstruktur verwaltet werden. Aufgrund der zu erwartenden Datenmenge ist das Verwenden von Ordnern zu empfehlen.
Im vorliegenden Beispiel wurden die Gemarkungen des Landkreises zum Bilden der Ordnerstruktur verwendet. Jeder Ordner kann n-Dokumente enthalten, wobei für jedes zu verwaltende Biotop jeweils ein Dokument angelegt werden muss. Biotope, welche eine Ausdehnung über mehrere Gemarkungen haben, sollten in der Gemarkung verwaltet werden, wo sich der größte Anteil der Fläche befindet.